La flora batterica intestinale è popolata da un insieme di microrganismi all’interno del nostro intestino. Con il nostro organismo vivono in simbiosi oltre 500 specie di batteri presenti sulle mucose intestinali. Per la nostra salute umana è fondamentale il ruolo che essi assumono. I batteri costituiscono, infatti, un vero e proprio ecosistema che trae nutrimento dall’apparato digerente. Per mantenere un equilibrio fisiologico, le specie batteriche insediate nel nostro intestino e non patogene devono contrastare l’ipotetica invasione di specie patogene. Viene quindi definito microbiota l’insieme dei microrganismi che costituiscono la flora intestinale.

La flora batterica, invece, è costituita da moltissimi microorganismi che nel loro insieme colonizzano il nostro apparato digerente e in modo particolare l’intestino. Se i microvilli, le cripte, i villi e le varie pieghe vengono distese, la superficie della mucosa equivale a circa 200 metri quadrati. L’intestino umano è albergato da circa 400 specie batteriche. Nel colon sono principalmente localizzate quelle anaerobiche (bifidobatteri) e nel tenue sono albergate quelle aerobiche (lattobacilli).

Il nostro intestino è presenziato, oltre che dalla flora batterica, anche dai miceti, i clostridi ei virus, che in condizioni di equilibrio non esercitano alcun effetto patogeno. In condizioni stabili, l’organismo è in perfetta simbiosi con la flora batterica.

Per simbiosi intendiamo (dal greco "vivere insieme", da σύν "insieme" e βίωσις "vivere") qualsiasi tipologia di interazione biologica e a lunga scadenza tra diversi organismi biologici.

Nel rapporto simbiotico tra la flora intestinale e l’organismo umano, il materiale non digerito per la sopravvivenza dei batteri è fornito all’uomo. In compenso, questi microrganismi (simbionti) svolgono varie funzioni utili all'uomo. Si parla di eubiosi quando la flora batterica e l'organismo vivono in perfetta armonia.

Durante la gravidanza, l’intestino del feto è perfettamente sterile ma dopo la nascita viene colonizzato da miliardi di batteri. Questi microrganismi si insediano a livello intestinale, entrando dall'esterno attraverso la bocca e l’ano. I primi mesi di vita sono molto importanti per costruire una popolazione batterica florida ed equilibrata. La proliferazione dei brifidobatteri, un ceppo particolarmente benefico per la salute umana, è infatti favorita dal latte materno.